Gemeinsam mit dem Thüringer Ministerium für Umwelt, Energie und Naturschutz bildet das Kompetenzzentrum Natura-2000-Stationen die Koordinierungsstelle für das Netzwerk der Natura 2000-Stationen in Thüringen. Die Träger des Kompetenzzentrums sind der BUND Thüringen e.V., der Deutsche Verband für Landschaftspflege e.V. und der NABU Thüringen e.V. Beim BUND Thüringen ist ab dem 19.08.2024 die Stelle der Projektkoordination im Kompetenzzentrum Natura 2000-Stationen zu besetzen als Elternzeitvertretung - zunächst auf 14 Monate befristet.